Việc vận hành hệ thống bùn hoạt tính đòi hỏi duy trì ổn các thông số như nồng độ vào ổn định, khả năng lắng của bùn, tuần hoàn bùn và loại bỏ bùn dư… Đặc biệt khi sự phát triển quá mức của vi khuẩn Filamentous như Sphaelotilus natans, Beggiatoa… làm giảm khả năng lắng của bùn và gây khó khăn trong việc vận hành hệ thống. Trong quá trình vi sinh dính bám những điều kiện vận hành như trên hầu như không cần thiết quan tâm đến. 

 

Trong khi đó bể lắng sau bể Aeroten còn nhiệm vụ duy trì nồng độ bùn trong bể bùn hoạt tính thì bể lắng sau thiết bị màng vi sinh vật chỉ có tác dụng loại bỏ chất rắn sinh học (lớp màng bị bong ra trong nước thải sau khi qua thiết bị xử lý bằng màng) mà không ảnh hưởng gì tới hoạt động của màng vi sinh vật. Do tác dụng của chuỗi thức ăn tồn tại trong quá trình màng vi sinh dài nên lượng bùn dư sinh ra ít, do vậy sẽ làm giảm sự phức tạp trong quá trình vận hành cũng như làm cho hệ thống xử lý ít công trình đơn vị hơn. 

 

Tuy vậy, sự  đơn giản trong vận hành dẫn tới khả năng  điều chỉnh tình trạng hoạt động của hệ thống thấp. Với bùn hoạt tính có thể điều chỉnh lượng nồng độ bùn trong bể bằng cách điều chỉnh lượng bùn tuần hoàn trong bể lắng, hay muốn tăng khả năng loại bỏ nitơ có thể tăng thời gian lưu bùn, nói chung có thể điều khiển các thông số để đảm bảo hiệu quả xử lý nước thải trong bùn hoạt tính. Trái lại với màng vi sinh vật không thể  điều chỉnh chính xác sinh khối  trong hệ thống, các chủng vi sinh vật bởi vì không có một phương pháp hiệu quả nào được tìm thấy nhằm điều khiển quá trình này. Có thể nói rằng thông số có thể điều khiển hệ thống màng vi sinh vật chỉ có chất lượng nước đầu vào và cường độ sục khí (hiếu khí). 

 

Khởi động nhanh 

 

Trong quá trình bùn hoạt tính, thời gian khởi động tối thiểu một tháng để đạt được hiệu quả ổn định và thông thường là 2 tháng. So với màng vi sinh vật thì thời gian khởi động khoảng 2 tuần đối với thiết bị lọc sinh học ngập nước và thiết bị tiếp xúc quay và cần thời gian dài hơn đối với thiết bị lọc nhỏ giọt. 

Nguyên nhân làm cho thời gian khởi động của quá trình màng vi sinh ngắn hơn là do hầu hết sinh khối sinh ra đều tích lũy lại mà không bị tiêu thụ sớm trong quá trình khởi động khi màng vi sinh còn mỏng. Nhờ vậy việc khôi phục và vận hành cũng rất nhanh ngay cả khi một lượng  lớn sinh khối bị suy giảm do một lí do nào đó. Quá trình cũng chịu đựơc sự thay đổi bất thường về tải trọng hữu cơ.  

 

Khả năng loại bỏ những chất cơ chất phân hủy chậm 

 

Có hai quan điểm giải thích về khả năng loại bỏ những cơ chất phân hủy chậm của quá trình màng vi sinh vật. Những cơ chất có chứa các loại chất hữu cơ như Polyvinyl Alcohol (PCA) , Linear Alkylbenzen Sulfonate (LAS), lignin, các hợp chất hữu cơ có gốc clo… hay các chất vô cơ như nitrate, cyanide… Những hợp chất này đều có khả năng phân hủy sinh học tuy nhiên tốc độ phân hủy rất chậm và tốc độ sinh trưởng của các loài vi sinh sử dụng các hợp chất trên làm cơ chất chính rất thấp. Ví dụ tốc độ phân hủy của vi khuẩn nitơ  Notrosomonas chỉ bằng 1/10 tốc độ phát triển của Escherichia coli. Các loài vi sinh vật có tốc độ tăng trưởng nhỏ có khả năng loại bỏ các cơ chất phân hủy chậm. Nguỵên nhân thứ hai liên quan đến tỉ lệ của bề dày màng sinh học hiệu quả với bề dày của tổng màng. Nói chung, tốc độ tiêu thụ một cơ chất chậm liên quan đến sự vận chuyển bởi quá trình khuếch tán phân tử của nó, độ sâu nó có thể vào trong màng vi sinh vật, tương ứng với độ sâu của lớp màng hiệu quả. Nói cách khác, nếu tốc độ tiêu thụ của một cơ chất nhỏ thì lượng vi sinh cần thiết sẽ lớn tương ứng và ngược lại. Vì vậy, sự khác biệt về khả năng  phân hủy sinh học sẽ không ảnh hưởng trực tiếp tới tốc độ tiêu thụ cơ chất của màng vi sinh vật. Do đó màng vi sinh thích hợp để xử lý những loại nước thải có chứa những cơ chất phân hủy sinh học chậm. 

 

 Khả năng chịu biến động về nhiệt độ và tải lượng ô nhiễm 

 

Tốc độ khuếch tán và phản ứng sinh học đều giảm khi nhiệt độ giảm và mức độ phụ thuộc của phản ứng sinh học quan trọng hơn sự khuếch tán. Năng lượng hoạt hoá được dùng để đánh giá mức độ phụ thuộc của phản ứng sinh học vào nhiệt độ, năng lượng càng lớn sự phụ thuộc càng cao. Năng lượng hoạt hóa của khuếch tán phân tử chỉ chừng vài kcal/mol trong khi đó năng lượng hoạt hoá của phản ứng sinh học khoảng 20 – 30 kcal/mol. Do vậy, ngay cả khi nhiệt độ nước thải xuống thấp tốc độ tiêu thụ cơ chất bởi màng vi sinh vật cũng không ảnh hưởng lớn bằng bản thân tốc độ phản ứng sinh học nội tại, với động lực phản ứng giống như đối với cơ chất phân hủy chậm, do tốc  độ khuếch tán phân tử giảm chậm hơn nhiều tốc độ phản ứng theo nhiệt độ. Ngược lại, khi nhiệt độ nước tăng tốc độ tiêu thụ cơ chất cũng không tăng nhiều như phản ứng sinh học nội tại. Vậy hiệu quả xử lý của màng vi sinh vật ổn định ít phụ thuộc vào sự thay đổi nhiệt độ. 

 

Đối với sự thay đổi tải lượng ô nhiễm thì hiệu quả xử lý cũng ổn định. Khi tải lượng đầu tăng lên thì nồng độ cơ chất trên bề mặt của màng tăng tương ứng do vậy bề dày hiệu quả của màng cũng tăng theo. Ngược lại, khi tải lượng ô nhiễm giảm thì bề dày màng cũng giảm theo. Kết quả là hiệu quả xử lý được giữ ổn định. 

 

Sự đa dạng về thiết bị xử lý 

 

Trong mỗi thiết bị lọc ngập nước, tiếp xúc quay hay lọc nhỏ giọt thì hình dạng, kích thước, loại vật liệu, phương pháp bố trí vật liệu đệm làm giá thể cũng rất đa dạng. Mặc dù, không có sự khác biệt nhiều về diện tích bề mặt riêng giữa các loại thiết bị trên, nhưng đối với thiết bị sử dụng vật liệu lơ lửng có diện tích bề mặt màng lớn nhiều so với các thiết bị khác, và tải trọng hữu cơ cũng lớn hơn. Ngoài ra, các thiết bị trên có thể áp dụng được cả cho quá trình hiếu khí và kị khí, trừ thiết bị lọc nhỏ giọt. Vì vậy, quá trình màng vi sinh vật có thể áp dụng để xử lý nhiều loại nước khác nhau ™  Hiệu quả cao đối với nước thải có nồng độ ô nhiễm thấp Thực nghiệm cho thấy không thể xử lý nước thải có nồng độ BOD thấp hơn 20 mg/l bằng quá trình bùn hoạt tính. Tuy nhiên, đối với quá trình màng vi sinh vật chỉ cần nồng độ cơ chất cao hơn giá trị cần thiết để duy trì sự trao đổi chất, nước thải với nồng độ cơ chất thay đổi trong khoảng rộng vẫn đảm bảo được hiệu quả xử lý. 

Đối với màng vi sinh vật nước thải có nồng độ cơ chất càng thấp càng dễ xử lý.